生物實驗過程中生物污染的預防也是生物實驗室安全的重要組成部分。生物安全柜的作用是有效保護實驗室人員和實驗室環境的安全。主要分為I類、II類和III類，可以提供不同級別的保護，防止危險或傳染性污染。對于所有類型的生物安全柜，空氣在作為廢氣離開系統之前都需要經過HEPA過濾。
1、I級
生物安全柜旨在保護實驗室人員和環境，而不是樣品，因為負壓裝置用于將外部空氣吸入工作區域。
2、雖然有多種防護等級的生物安全柜可供選擇，但常用的生物安全柜仍然是II類A2型生物安全柜。II級生物安全柜主要分為四種亞型（A1、A2、B1和B2），并具有額外的保護樣品的功能，因為空氣供應在通過工作空間之前經過HEPA過濾器過濾。II型亞型根據柜內再循環空氣的量來區分。
3、III級生物安全柜為生物安全四級封閉實驗室的工作提供了更大的保護。III級生物安全柜本質上是一個密封的手套箱，只能通過去污灌籃或雙開門箱進入。
實驗過程中需要實時檢查試管蓋是否處于密封狀態，因為在渦旋混合器、超聲波清洗機、高速離心機等混合樣品處理過程中會產生氣溶膠或液滴。由于氣溶膠的產生是實驗室生物污染的重要來源，一些實驗室還使用含有熒光素的假樣本來檢測氣溶膠的產生路徑，以評估其傳播水平。生物安全柜在使用過程中如發生生物樣本意外溢出，應立即使用消毒劑進行嚴格清洗。工作完成后，將受污染的材料放入生物危害容器或高壓滅菌完成。移液管、試管架等可重復使用的實驗室設備應立即消毒。
